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바이오-정보-의학 포럼
Archive 2012 winter
강좌시간표
         1학기   /   2학기

         Advanced Statistics and R Programming (2학기)

         - 강의 시간 : 토요일 오후 1교시 오후 3:00 ~ 4:30
         - 강의 장소 : 서울대학교 연건캠퍼스 의과대학

No 일시 강의 내용 담당강사
1 2018년 11월 3일 Starting with R
- Introduction to R
- R installation, workspace, R package installation
- Basic R functions
2 11월 10일 Data manipulation with R
- Data type
- Importing and exporting data
- Data management
- Missing values
3 11월 17일 Review of Basic Statistics
- Probability distributions
- Summary statistics
- Hypothesis testing, confidence intervals, bootstrap
- Exploratory data analysis using R: basic graphics, correlation coefficients, contingency table
4 11월 24일 [1박 2일 합숙교육]
Statistical Analysis I: Analysis of means
- Distributions
- Parametric tests
- Non-Parametric tests
5 12월 1일 Statistical Analysis II: Analysis of proportions and relations
- Correlation
- Regression
- ANOVA
6 12월 8일 Survival Analysis
- Censoring, Survival data, Survival function
- Cox proportional-hazards regression
- Kaplan-Meier survival curve
- Statistical comparison of survival curves: log-rank, Wilcoxon test
7 12월 15일 Machine learning algorithms for Biomedical Informatics
- Supervised analysis
- Unsupervised analysis
8 12월 22일 Classification using R
- Feature selection - K-Nearest Neighbor
- Support Vector Machine
- Linear Discriminant Analysis
9 2019년 1월 5일 Evaluation and Validation
- Over-fitting
- Cross validation: train/validation/test set split
- Empirical p-value, permutation test - Multiple testing correction
10 1월 12일 Advanced R graphics
- Line Plots, Bar charts, Histograms, Scatter plot
- Labels and legends
- Lattice package
11 1월 19일 Microarray Data Analysis I
- Bioconductor packages
- Introduction to Microarray Data
- Normalization methods
12 1월 26일 Microarray Data Analysis II
- Identifying DEG: t-test, SAM
- Volcano plot - FDR
- Probe annotation
13 2월 16일 Gene ontology & Pathway analysis
- Gene clustering
- GO and Pathway enrichment analysis
- R packages for semantic similarity
14 2월 23일 Case study: association of BRCA1 and BRCA2 mutations with survival in ovarian cancer (JAMA 2011) - DEG extraction from RNA-seq data - Clustering (K-means, hierarchical) - Correlation analysis between methylation and expression data - Survival analysis



         정보의학 개론 II (2학기)

         - 강의 시간 : 토요일 2교시 오후 4:50~6:20
         - 강의 장소 : 서울대학교 연건캠퍼스 의과대학

No 일시 강의 내용 담당강사
1 2018년 11월 3일 건강정보시스템 EMR/EHR/PHR
2 11월 10일 명사 초청 특강 - Network Biology 이기영
3 11월 17일 데이터웨어하우스 구축과 데이터마이닝 박래웅
4 11월 24일 [1박 2일 합숙교육]
4 12월 1일 명사 초청 특강 - Datamining and its application in Biomedical Informatics 신현정
5 12월 8일 의료정보와 환자주도형 건강 시스템
6 12월 15일 명사 초청 특강 - Lessons from 1000 Genome Project
7 12월 22일 의료정보와 개인정보보호
8 2019년 1월 5일 명사 초청 특강 - Markov Chain and Hidden Markov Model 손경아
9 1월 12일 명사 초청 특강 - SNOMED CT 박현애
10 1월 19일 명사 초청 특강 - Gamification and mHealth 김정은
12 1월 26일 명사 초청 특강 - 임상연구/임상시험정보시스템 최인영
13 2월 16일 명사 초청 특강 - Drug Repositioning 인용호
14 2월 23일 명사 초청 특강 - Semantic Web 손영수



         Bioinformatics : Genomic Medicine (2학기)

         - 강의 시간 : 토요일 3교시 저녁 7:30 ~ 9:00
         - 강의 장소 : 서울대학교 연건캠퍼스 의과대학

No 일시 강의 내용 담당강사
1 2018년 11월 3일 TCGA data introduction
2 11월 10일 Advanced Microarray Data Analysis
3 11월 17일 Next Generation Sequencing & Personal Genome Data Analysis
4 11월 24일 [1박 2일 합숙교육]NGS Platforms and Application
5 12월 1일 Personal Genome Interpretation
6 12월 8일 RNA-Seq Expression Profile Analysis
7 12월 15일 Sequence-level Transcriptome Analysis
8 12월 22일 Non-Coding RNAs in RNA-Seq Data
9 2019년 1월 5일 Identifing Genomic rearrangement, Gene fusion analysis from RNA sequence
10 1월 12일 Exome Sequencing and Cancer Genome Bioinformatics
11 1월 19일 Copy Number and Genomic Rearrangement
12 1월 26일 GWAS and Post-GWAS, eQTL data Analysis
13 2월 16일 PheWAS, EWAS and Electronic Medical Records Data Analysis
14 2월 23일 기말고사